由於美卡弗拉西的出現,市區中有3萬人得知了異生獸的存在! 面對這樣緊急的狀況,松永打算強制啟動LETHE,雖然吉良澤提出反議說來訪者的能量已經不夠,貿然啟動遺忘之海十分危險,但是松永說已經沒有辦法了!打算將TLT地下最深處的遺忘之海啟動消除3萬人的記憶. 另一方面,光芒造訪了西條風,她是新的適能者.但是在基地中感應到這個場景的石堀冷笑著: "這個時候終於到了!" 他站起身來射殺了詩織,對著隊長與孤門說:
"長久以來辛苦你們了,我就是未知之手!"
石堀飛向了LETHE,他要以邪惡的力量破壞來訪者的護盾奪取能源.他在那裡對著西條等人述說了一切的真相. 未知之手的真貌是黑暗薩基,他是消滅來訪者母星的元兇.在20年前也跟著來訪者來到了地球.但是當時的他力量被消滅了,於是寄生在石堀這個人類的身上,隱藏在TLT內部活著方便行動. 他在18年前殺了西條風的母親,因為他預知到未來的西條會得到光芒. 而製造出黑暗浮士德與黑暗梅菲斯特,利用溝呂木及三澤的背叛,都是為了在西條的內心中埋下黑暗的因子!他要掌控西條的一生而得到力量.
"這都是為了讓你把光交給我的那一刻."
憤怒的西條聽了這些後毅然變身了,但是這正好中了石堀的陰謀,NEXUS被黑暗藤蔓綑綁住吸取著能量:
"儲存在LETHE中的恐怖能量,與妳的贈恨之心同步了! 結果光就會轉換成黑暗! " 抽取出的能量轉移到了石堀身上,未知之手黑暗薩基終於復活了!黑暗破壞神降臨在新宿地表,而世界各地的異生獸一一同步甦醒,全世界各國都陷入了滅亡的危機.開始了世界末日的序章. 恐怖的黑暗包圍了西條,孤門奮不顧身躍了進去.